بخش دیگری از پزشکی که در آن از لیزر استفاده می شود دندانپزشکی است. در دندانپزشکی با لیزر از نور مرئی به عنوان باریکه‌ی راهنما استفاده می کنند و با باریکه‌ی لیزری نامرئی کار را انجام می‌دهند.
باریکه‌ی لیزری 064/1 میکرونی لیزر Nd:YAG می تواند به شبکیه چشم آسیب رساند. از این نظر هم بیمار و هم دندانپزشک باید از عینک‌های حفاظتی خاصی بزنند تا موقع کار با لیزر مانع عبور باریکه‌ی Nd:YAG شود.
در روشی به نام تراشیدن زیر لثه با لیزر، بافت معیوب لثه برداشته می شود. دندانپزشک برای فعال کردن لیزر، کنترل پایی را می‌فشارد که در هر ثانیه 10 تا 30 تپ به دست می آید. هر تپ که فقط میلیونم ثانیه دوام دارد بافت معیوب لثه را بدون آسیب زدن به بافت سالم زیر آن بخار می کند.
بیمار صداهای مثل ترقه‌های کوچک را می‌شنود ولی هیچ دردی احساس نمی کند زیرا تپ‌های لیزر کوتاه‌تر از آن هستند که واکنش‌های عصبی ایجاد کنند. تپ های لیزری نه فقط بافت آسیب دیده را بخار می کنند بلکه هر باکتری موجود مولد بیماری را
نیز از بین می‌برند.
اگر همین جراحی یعنی تراشیدن لثه، با تیغ جراحی انجام گیرد، بیمار به داروی بیهوشی نیاز دارد و ممکن است هفته‌ها مشکل غذا خوردن داشته باشد. درد بعد از جراحی لثه و زمان لازم برای بهبودی با جراحی لیزری به مقدار خیلی زیادی کم می شود.
مورد استفاده‌ی دیگر لیزر در دندانپزشکی درمان زخم‌های دهان است. اغلب بیماران پس از لیزر درمانی از درد آبسه، زخم‌های آکله، ضایعات ویروسی، زخم‌های دندان معنوعی و غده‌های کوچک غیرسرطانی فوری بهبود می‌یابند.
در کاربرد دیگر، لیزر دندانپزشکی برای غیر حساس کردن عاج دندان های بی‌حفاظ مورد استفاده قرار می‌گیرد. بیماران ممکن است از حساسیت زیاد عاج در ناحیه هایی که مینای دندان هایشان دیگر از عاج زیر آن محافظت نمی کند، مثل خطوط کناری لثه در رنج باشند. لیزر درمانی لوله‌ی ظریف میکروسکوپی در عاج را که به شبکه‌ی اعصاب داخل دندان منتهی می شوند مسدود می کند.
حتی وقتی که جراحی معمولی دندان با چاقوی جراحی لازم باشد، سطوح بافت بریده شده را می توان با لیزر درمان کرد تا درد کاهش یابد و اغلب به تجویز داروهای مسکن پس از جراحی احتیاجی نیست.
فرنوم غشایی کوچکی است که در دهان لب بالایی را به لثه وصل می کند. گاهی فرنوم به دندان ها فشار می دهد و آن‌ها را از ترتیب می‌اندازد. با لیزر می توان بدون درد و خونریزی فرنوم را بخار کرد.
لیزرها در حال دگرگون کردن روش ساخت روکش دندان و پل ها هستند. اداره کل غذا و داروی امریکا برای این منظور با استفاده از لیزر هدایت شده‌ای موافقت کرده است. باریکه‌ی لیزر به اطراف دندان هدایت می شود و داده‌های جمع‌آوری شده را به کامپیوتر می‌دهند. آن‌گاه کامپیوتر روکش را طراحی و ساخت آن را کنترل می کند.
